A menudo es normal subir accidentalmente datos sensibles al repositorio, por ejemplo usuarios o contraseñas de base de datos.
Si necesitáis borrar esos datos del historial de git podéis hacerlo utilizando el siguiente comando:
git filter-branch --index-filter 'git rm --cached --ignore-unmatch palabra_clave' HEAD
Donde palabra_clave son los datos sensibles a borrar.
Espero que os sirva