Cuando estamos integrando código con GIT de varios entornos de desarrollo como windows o unix, es normal que tengamos conflictos con los saltos de linea.
Git interpreta los saltos de linea de windows como si se hubiera modificado toda la linea entera, lo cual acaba provocando que tengamos que escoger entre un fichero u otro.
Para evitar que Git se fije en los saltos de linea en los merges, diffs … Podemos ejecutar el siguiente comando:
git config –global core.autocrlf input
Espero que os sirva, a mi me ha aliviado bastante las tareas de integración